V rámci projektu byl vytvořen unikátní Informační systém Heracleum (IS Heracleum), který sloužil k evidenci všech lokalit včetně fotodokumetace, zaznamenávání údajů a map z jejich počátečního i konečného stavu. Systém obsahuje podrobné informace ke všem lokalitám a zasaženým parcelám zmapovaným v rámci projektu – všechny údaje z katastru nemovitostí, z registu půdy LPIS, pásma ochrany přírody a ochrany vod apod. Na základě podmínek byly pro jednotlivé parcely stanoveny vhodné metody likvidace. V průběhu realizace projektu byly do IS Heracleum doplňovány informace o prováděných kontrolách, změnách, nových lokalitách a na konci projektu byly doplněny údaje o dosaženém výsledku pro jednotlivé parcely a lokality. Data v IS lze filtrovat podle více kritérií, vybraná data lze exportovat.

Systém sloužil také k administraci projektu, zaznamenávání výsledků kontrol prováděných prací a bude využíván i po celou dobu jeho udržitelnosti jak žadatelem o dotaci, tak dotčenými orgány ochrany přírody. V době podání žádosti o schválení financování projektu usnadnil zasílání žádostí o souhlas s projektem více než 5 000 vlastníků a administraci výzev a veřejných vyhlášek s tím spojenou. Veškeré dokumenty o této komunikaci s vlastníky jsou v IS archivovány, stejně jako řada dalších dokumentů, vzorů hlášení, přijatých faktur apod.

Základní pojmy používané v IS Heracleum
Projekt je rozdělen na 10 úseků (úseky I. až X.), ty pak ještě na celkem 29 realizačních částí (RČ 1 – 29), názvy úseků vycházejí z názvů měst, hranice mezi úseky jsou ale dány hranicemi povodí nižších řádů. Hranice mezi částmi jsou zpravidla vedeny po komunikacích, vodních tocích apod. tak, aby byly lépe identifikovatelné v terénu.

IS Heracleum má databázovou a mapovou část
Přístup do databázové části IS Heracleum byl možný po registraci provedené na základě žádosti na některou z emailových adres uvedenou v části KONTAKT. Informace v IS obsažené nesměly být využívány ke komerčním účelům, sloužily kromě administrace dotace také dotčeným orgánům státní správy a ochrany přírody ale  např. i studentům při zpracovávání bakalářských a studentských prací nebo vlastníkům  ke kontrole zamoření jejich pozemků a zjištění doporučené metody likvidace. Data v IS Heracleum umožňují filtraci lokalit nebo parcel podle různých kritérií a export vybraných dat do exelových tabulek.

Mapová část IS Heracleum je volně přístupná (bez registrace)

viz MAPA, kde je uveden podrobnější popis, legenda k mapě a návod k použití . Pro prohlížení map je nutné nainstalovat si program Microsoft Silverlight. V říjnu 2021 však došlo k ukončení technické podpory uvedeného programu. Z tohoto důvodu bylo třeba nalézt jinou cestu plnění podmínek projektu, a proto v současné době probíhají práce na úpravě informačního systému tak, aby i nadále byla zajištěna jeho maximální funkčnost a přístupnost.